На совместном заседании судей Томского окружного суда и судей Каинского уезда, от 26 октября 1908 года, была утверждена схема следственно-мировых участков, согласно которой Купинская волость вошла в состав 5-го участка. В 1911 году создан 7-й судебно-следственный участок в с.Юдино. В его состав вошли Купинская и Юдинская волости. Купинская волость входила в состав Каинского уезда Томской губернии до 1919 года.

Согласно протоколу заседания членов Татарского Революционного комитета от 6 марта 1920 года № 21, Татарский уезд разделен на пять участков Народных судов, в том числе третий участок в резиденцией в с. Купино с волостями: Купинская, Баганская, Н-Сельская, Куропатинская, Андреевская и Н-Теренгульская, что является судопроизводством в районе.  

Постановлением Отдела юстиции Омского губревкома от 19 марта 1920 года вышеуказанное распределение участков Народных судей в Татарском уезде утверждено.

В записке «Дислокация судебных и следственных участков Омского губернского суда по новому районированию (составлено 5 января 1924 года) по Татарскому уезду значится – третий участок народного суда с. Купино, волости: Купинская, Баганская, Ново-Сельская, Андреевская, Ново-Теренгульская, Куропатинская и Метелевская. 24 сентября 1924 года решением Сибревкома об укрупнении волостей был образован Купинский район.

С 9 декабря 1925 года по 30 июля 1930 года Купинский район (с.Купино) становится частью Барабинского округа Сибирского края, округ которого делился на пять судебных участков, «резиденции» которых располагались в г. Барабинске, г. Каинске, с. Зыдя, с.Убинское и с.Баклуши. Штат сотрудников по округу 23 человека, из них 5 судей.

С 30 июля 1930 года по 27 сентября 1937 года район находился в составе Западно-Сибирского края. В связи с проведением районирования Западно-Сибирского края в 1930 году Купинский район стал самостоятельным административно-территориальной единицей края с правом формирования своих структур, в том числе и органов судопроизводства. В документах государственного архива Новосибирской области этого времени и встречаются первые упоминания «о нарсудах» в районах Новосибирской области.

В 1936 году село Купино получило статус рабочего поселка. С 27 сентября 1937 года, с момента образования Новосибирской области и по сегодняшний день, Купинский район является ее составной частью. До 1943 года в Купинском народном суде работал один судебный участок и с 15 сентября 1943 года образовался второй судебный участок. В каждый избирался один народный судья и за каждым участком, решением райисполкома, была закреплена часть территории района и города Купино. Этим решением и определялась подсудность дел для каждого участка  районного суда. Они работали отдельно друг от друга, имели свое помещение, кадры, транспорт (лошадь с упряжью). С января 1961 года участки были ликвидированы и районный суд стал единым.

12 января 1944 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР рабочий поселок Купино был преобразован в город районного подчинения. В 1979 году народный суд Купинского района перешел в новое двухэтажное здание.

В  соответствии с принятием 12 декабря 1993 года Конституции Российской Федерации и Федерального Конституционного закона №1-ФКЗ от 31 декабря 1996 года «О судебной системе в Российской Федерации» статья 4,  народный суд Купинского района с 1 января 1997 года стал считаться Купинским районным судом и относиться к федеральным судам, составляющим систему федеральных судов общей юрисдикции.

После принятия Федерального Закона №7-ФЗ «О судебном департаменте при Верховном Суде Российской Федерации», в январе 1998 года было образовано Управление Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации в Новосибирской области, которое является государственным органом, осуществляющий организационное обеспечение деятельности федеральных судов области.

Согласно Закона «О мировых судьях в Российской Федерации», принятого в 1998 году, на территории Купинского района в 2000 году были созданы два участка.

На основании Федерального Закона от 9 февраля 2009 года №5-ФЗ «Об упразднении некоторых районных судов Новосибирской области» с 15 марта 2010 года упразднились 10 районных судов на территории Новосибирской области. Вопросы осуществления правосудия, относящиеся к ведению упраздняемым судам, переданы в юрисдикцию другим (укрупняемым) районным судам. В число укрупняемого районного суда вошел и Купинский районный суд. Федеральным законом установлено, что юрисдикция Купинского районного суда распространяется на территории Купинского и Чистоозерного районов.